Hasta el momento de la separación entre la Iglesia de Inglaterra y la Iglesia Católica, se tiene poco información de Juan Stone; no se sabe ni cuándo nació ni donde nació. La información que se tiene a ciencia cierta sobre él es a partir del momento en que el monarca Enrique VIII, obligó a los monjes y frailes a prestar juramento de fidelidad a la corona. Esto sucedió el 14 de diciembre de 1538. Juan Stone fue el único de la comunidad de Canterbury que se negó tal imposición. El obispo de Dover lo aisló un año para protegerlo del peligro de que lo enjuiciaran y lo condenaran a muerte, y para intentar convencerlo de que adjurara y prestara fidelidad al rey. Fracasó en su intento; el fraile agustino se mantuvo firme en su posición de fidelidad al Papa.

En el mes de diciembre del año 1539 fue sometido a juicio por traición al monarca, por su obstinación de fidelidad al Papa y la unidad en la Iglesia. El mismo Enrique VIII nombró un tribunal para el caso. Fue condenado a muerte. Murió ahorcado el 27 de diciembre del año 1539 en la plaza de la ciudad de Canterbury. Tras su muerte, le arrancaron el corazón e hicieron pedazos su cuerpo, echándolo en una olla con aceite hirviendo. Más tarde expusieron sus restos a la puerta de la Ciudad para escarmiento del pueblo.

Fue beatificado por el Papa León XIII en el año 1886 y canonizado por el Papa Pablo VI el 25 de octubre de 1970, junto con otros 39 mártires ingleses. De ellos dijo el Papa Pablo VI en la homilía de la canonización: “La Iglesia y el mundo de hoy tienen suma necesidad de estos hombres y mujeres, de toda condición y estado de vida, sacerdotes, religiosos y laicos, porque únicamente personas de una estatura y santidad así, serán capaces de cambiar el rostro atormentado de nuestro mundo y de conducirlo por los caminos de la paz deseada íntimamente, aunque no siempre de modo consciente, por todo ser humano”.